与此同时，泉州、厦门、宁波三处“通洋司”相继挂牌运营。
通洋司设立登记、税务、港口通行、商人备案、货物抽验五个科室，每日定时报表，由户部直属监管。
凡外来商船，须先在通洋司登记，缴纳商税，再得“通洋令票”，方可在本港交易。
外商第一次见到如此规整的制度，还有些迟疑。
泉州通洋司司使笑着一拱手：“这是我们皇上定的规矩。你们守了规矩，就做生意；不守，就请你滚出海去。”
外商们震惊于大明海关的整饬，但也乐于交税换安稳。
三年内，大明水师初具规模，厦门海港，战船三十六艘排开，火器、弓弩、投石俱全；泉州外港，快速侦巡船往来如梭，日夜不息；每月一次海训，三月一次战演，水师士兵每日以海沙为被、海风为令，操演如军。
郑芝龙手下原海盗数百人归顺为兵，他设“水军三法”：军中不许饮赌、不许贪污、不许徇私，违者立斩。
魏忠贤笑问：“陛下放心让一个贼来领兵，不怕他反？”
朱由检答：“他若真反，也得先打得过朕的红夷大炮。”
与此同时，大明开始远洋贸易。东至琉球，南至暹罗，西及吕宋、马六甲，郑芝龙每月派舰三艘出海护航，大明船队不再惧海贼，反而成为其他国家倚赖的“海上保镖”。
商人纷纷来投，大明商税水涨船高。
一年之内，仅泉州通洋司，就上缴税银四十万两；
厦门船政局自造火器装舰，性能超越旧式战船，被朱由检亲批为“红夷式第二代”。
东林党再度哗然，黄道周皱眉：“昔日郑芝龙为寇，今日统军，何以为民示范？”
左光斗批评：“以贼治海，非正道。”
刘宗周上疏：“此举不合礼制，不守纲常。”
朱由检听完，只回六个字：“能守住海，就够了。”
话音未落，东厂飞骑入宫，带来一份密报：“李自成盘踞四川大凉山，纠残部、聚山贼，号称‘重建大顺’，并自称‘楚王’，已成边地痼疾。”
朱由检看罢，脸色冷淡，却一句话定策：“调洪承畴，三省合围，务要全歼。”
洪承畴接旨之后，不发一言，立刻率三万兵马自陕西南下，与川东、湖广两路兵力合围，兵锋直指大凉山深处。
这一次，朱由检一反以往分兵围堵的旧策，直接下死命令：“不留活口，擒斩为上。”
兵部火速调拨军饷，户部李清照加派三十万两专款，同时命工部紧急赶制“山地攻坚器械”——弩车、火雷、手榴弹等新式军械，一并随军发出。
魏忠贤在御前低声道：“陛下，此役若胜，流寇之乱可称尽平。”
朱由检冷声回应：“若还容他活着逃脱，天下必再乱。”
嘉平六年秋，洪承畴率三路大军会师大凉山，主力为原西北劲旅，副将为辽东退役老兵，兵员整肃，军纪森严。
李自成虽然久困山中，但仍有旧部残兵两千余人，借地形固守山寨，昼伏夜出，屡次袭扰官军。
洪承畴并不急攻，而是连设三道围寨、断山口要隘，日夜挖掘封锁壕沟，围而不打，截其外援，断其水源。