朝堂之上，肃军余波方歇，朱由检却未松懈。
李若琏肃清天机阁一案余势未尽，三省文武皆道风声渐稳，不必再动。朱由检却道：
“外敌可斩，内奸难防。兵可强，军心才难养。”
他下令：即日起，全国军队，设“政训官”一职，讲兵律、讲忠义、讲大明社稷之由。每日课三时，按营为单位，三日一考，旬月一评，不得虚设。
此令一出，满朝皆惊。
礼部上奏：“兵者武事，文士何以教之？”
朱由检冷笑道：“自古兵者，不止武力。汉有张良，唐有李靖，谁非读书人中奇才？若今日我大明兵卒皆不识字，不通礼法，只知刀砍枪杀，如何可持久立国？”
钱谦益悚然，却不敢言。黄道周叹：“此策虽非旧制，然可试。”
魏忠贤奏请：“臣愿调东厂典籍，编纂《军中文读本》，交由格物院刻板印刷，三月内送抵五军。”
朱由检点头：“准。”
与此同时，他又传召李若琏、卢九德、孙传庭三人入殿，命其统筹新制：
“旧军法太散，新军法太死，须取中道。兵有功者，不可久压；兵有罪者，绝不姑息。将领须清，粮饷须足。你三人各司其职，不得推诿。”
三人领命，各自调度。
兵部立刻着手修编《大明新军律》，删旧例，补实务。
凡冒领军饷、调兵不报、收受馈赠者，重则斩首，轻则革职充军。
将士军功一律公开登记，三军阅榜，不得暗改；凡有军功者，授田、给屋、授学、授职，依功层级，逐级封赏。
朱由检亲笔御批：“以律治兵，以赏养气。”
辽东一带最先试行。卢象升命人将军律张贴于营门，巡逻兵日夜高呼条文，战鼓之后，便是念军训。火铳之后，便是讲忠义。
三月之间，辽阳、沈阳、宁远三地兵士识字者骤增。
甚至有士卒自学成文，写《军行诗》传唱于市井，言曰：“昔为农夫锄田头，今持火铳护边州。天子赐我忠义课，不负江山万里秋。”
朱由检听后微微一笑：“这才是军魂。”
而为让将士知其功绩不被埋没，他特令兵部每三月设“军功榜”，不分正副将，不分高低贵贱，只论斩敌几人、破敌几阵、守城几日，一一记名。
赵率教虽已入川，其辽地旧部亦仍被列入功臣录。
榜文一出，全军皆望之如圣旨，营中少年卒甚至争夜演练，只为入榜留名。
同时，朱由检命人整修武英殿功臣堂，凡三次登榜之士，其名列殿中，代代祭祀。
而对于将士家属，亦有新令。
“有功之家，其子弟可免试入军、优先入学；其孤者，朝廷养之，待其十六，自愿从军则授职，不愿则任文职。”
一时间，全国兵营传诵“忠者不孤，烈士不寂”，百姓之中，愿子入伍者渐多。
内阁曾奏言：“军中设文，恐生懒散。”
朱由检驳之：“兵要能战，更要能听命，知忠义方可不乱。若一支军队，只知战，不知为何战，此兵，终必反。”